براى اولين بار در درس خارج فقه آيت‌الله بروجردى شركت كرد و با شوق و علاقه تمام درس را از استاد فرا مى‌گرفت و به منظور عدم فراموشى مطالب درس و حفظ آنها، درس هر روز را در پايان روز به زبان عربى مى‌نوشت٬ اين امر موجب تعجب استادش آيت‌الله بروجردى شده و مورد تشويق ايشان قرار گرفت. مدت حضور ايشان در درس آيت‌الله بروجردى پانزده سال به طول انجاميد كه قسمت عمده آن بحث «صلاة» بود، همچنين بحث «خمس» نيز در اين مدت تدريس شد.

همچنين در جلسات درس خارج اصول امام خمينى شركت كرد و يك دوره كامل اصول را از ابتدا تا پايان از محضر امام فرا گرفت كه اين دوره حدود 7سال به طول انجاميد. ايشان مباحث خارج اصول و فقه امام را به صورت تقريرات نوشته و آن‌ها را منتشر كرد.

ايشان علاوه بر درس‌هاى فقه و اصول، چند سال از عمر خود را در درس حكمت و فلسفه گذرانيد و با حضور در درس مرحوم علامه طباطبایى، مباحث منظومه سبزوارى و كتاب اسفار ملاصدرا را استفاده كرد.

البته در كنار اين دروس در مباحث ديگرى همچون مسائل عقيدتى و نيز درس اخلاق شركت مى‌كرده و از استادان ديگر هم به طور پراكنده كسب فيض می‌كرد.

آيت‌الله لنكرانی با هوش و استعداد سرشارى كه داشت بسيار زود به درجه اجتهاد رسيده و در حاليكه جوانى 30 ساله بودند، ديگر نياز به تقليد نداشت و پس از وفات آيت‌الله بروجردى به استنباط خود متكى شده و غوامض امور و رموز مسائل دينى و مذهبى را به اجتهاد خويش از پيش پاى برداشت. ايشان از نخستين سال‌هاى بعد از ورود به حوزه علميه قم، همواره در كنار تحصيل به تدريس پرداخته و به اين امر اهتمام خاصى داشت.

اين مرجع بزرگ٬ 26 خرداد 86 دعوت حق را لبيك گفت. سرويس انديشه و علم خبرگزاری قرآنی ايران (ايكنا) اين ضايعه بزرگ را به عموم مسلمانان جهان تسليت عرض كرده و بر خود واجب می‌داند تا به معرفی اجمالی آثار علمی ارزشمند اين دانشمند فقيد بپردازد:

1. نهاية التقرير فى مباحث الصلوة. (در مقدمات)،
2. نهاية التقرير فى مباحث الصلوة. (الجزء الاول)،
3. نهاية التقرير فى مباحث الصلوة. (الجزء الثانى):
اين سه اثر نخستين تأليف استاد به شمار مى‌رود؛ يعنى به عصر حضور هشت ساله مؤلف در درس‌هاى خارج مرحوم آيت الله بروجردى(قدس سره) مربوط می‌شود. مؤلف همچنين مجموعه تقريرات خود را به نظر مبارك صاحب تقرير رسانده و با موافقت ايشان كار را سامان داده است.

در زمانى كه استاد فاضل توفيق يافت كار دشوار اما دلپذير تقريرات درس آيت الله بروجردى را كه جواز قبول نيز يافت به پايان برد، جوانى بود كه بيش از 26 سال نداشت و شگفت آن كه اين نخستين اثر به درجه‌اى از قبول مى‌رسد كه صاحب تقرير اعتراف مى‌كند كه آنچه از من باقى خواهد ماند همين كتاب نهاية التقرير است و از همان زمان‌ها نقل مى‌كنند كه بر زبان مرحوم آيت الله بروجردى گذشته است كه ايشان (شيخ محمد فاضل) مجتهد است.

جلد اول اين كتاب به مقدمات مبحث «صلوة» اختصاص دارد كه مباحثى از قبيل: تعداد نوافل، اذان، اقامه، قاعده فقهى «من ادرك» را مورد كنكاش قرار داده است. در جلد دوم نهاية التقرير بيشتر درباره افعال صلوة و خلل‌هاى آن بحث شده است، هم در اين جلد از قاعده «تجاوز» و «فراغ» به صورت مشبع و مستوفى بحث گرديده و بالاخره در واپسين جلد درباره قضاى صلوة و نماز جماعت گفتار مفصلى را شاهديم.

4. تفصيل الشريعة فى شرح كتاب تحرير الوسيلة (كتاب الاجتهاد): اين اثر نفيس اولين جلد شرح تحرير الوسيله است كه توسط استاد با نقد و بررسى عالمانه مبحث اجتهاد كتاب مذكور تفسير و توضيح شده و از دريچه استنباط و اجتهاد مستندات مربوط به آن با تعمق و ژرفنگرى تحرير شده است. در آغاز اين كتاب، مقدمه‌اى براى چگونگى ورود به مباحث كتاب تحرير الوسيله آورده شده و پس از آن مسائل گوناگون «تقليد» توضيح گرديده و با مطرح ساختن حكم «احتياط مطلق» مباحث كتاب پايان پذيرفته است. از محتويات درخشان اين بخش بحث فتوا به تقليد از اعلم است كه از قلم استاد تراوش كرده است.

5. تفصيل الشريعة فى شرح كتاب تحرير الوسيلة (كتاب الطهاره و المياه): اين كتاب از فصل «طهارة» شروع شده و ضمن توضيح مسائل مختلف مربوط به آب، با بيان صورت‌هاى متعدد ملاقى نجاست خاتمه يافته است. اين كتاب نيز همانند كتاب قبلى در دوران تبعيد نوشته شده است.

6. تفصيل الشريعة فى شرح كتاب تحرير الوسيلة (كتاب أحكام الوضوء و التخلّی): مؤلف در اين كتاب ضمن بيان مسائل وضو و استبراء و استنجاء و وضوى جبيره، اصول و مبانى فقهى حضرت امام راحل(قدس سره) را در زمينه مسائل ياد شده مطرح ساخته و شرح تفسير كرده است.

7. تفصيل الشريعة فى شرح كتاب تحرير الوسيلة (كتاب النجاسات): اين تأليف در زمينه احكام نجاسات و كيفيت تنجس و موارد عفو در نماز به رشته تحرير درآمده است.

8. تفصيل الشريعة فى شرح كتاب تحرير الوسيلة، (كتاب الاجاره): در اين اثر مسائل مربوط به اجاره مورد بحث و تفسير قرار گرفته و خاتمه كتاب با اشاره به وقايع خونبار سال 1357 پايان يافته است.

ايشان همچنين درباره «اجاره» كتاب مفصل ديگرى را به صورت مستقل به رشته تحرير در آورد كه به صورت مخطوط وجود دارد.

9. تفصيل الشريعة فی شرح كتاب تحرير الوسيلة (كتاب الصلوة): همچنان كه از نام كتاب پيداست، مجموع كتاب مسائل مربوط به نماز را شرح و تفسير كرده و به مبانى فقهى و اصلى و مستندات تحرير الوسيله پرداخته است.

10. تفصيل الشريعة فی شرح كتاب تحرير الوسيلة (كتاب الحدود): اين كتاب تمام مسائل مربوط به حدود الهى و تعزيزات حكومتى را شرح و تفسير كرده است.

11. تفصيل الشريعة فى شرح كتاب تحرير الوسيلة (كتاب الحج، الجزء الثانى): اين اثر برخى از مسائل مربوط به حج را تفسير كرده و در مبحث (لو عجز عن المشی بعد انعقاد نذره...) خاتمه يافته است.

12. تفصيل الشريعة فى كتاب تحرير الوسيلة (كتاب الحج، الجزء الثانى): اين كتاب جلد دوم كتاب حج محسوب مى‌شود كه مؤلف مسائل مربوط به نيابت و وصيت به حج و حج و مستحبى و اقسام حج و عمره، حج تمتع و ميقات عمره مفرده را به رشته تحرير آورده است.

13. تفصيل الشريعة فى كتاب تحرير الوسيلة (الكتاب الحج، الجزء الثالث): اين نوشتار جلد سوم كتاب حج است كه مؤلف برخى ديگر از مسائل مربوط به حج را با تعمق و ژرفنگرى خاص خويش به رشته تحرير در آورده و از پيچيدگى‌ها و مشكلات مسائل مطروحه پرده برداشته است.

14. تفصيل الشريعة فى كتاب تحرير الوسيلة (كتاب الحج، الجزء الرابع). 15. تفصيل الشريعة فى كتاب تحرير الوسيلة (كتاب الحج، الجزء الخامس): اين دو جلد مباحث تكميلى كتاب حج را در بردارند.

16. تفصيل الشريعة فى كتاب تحرير الوسيلة (كتاب الطلاق و الميراث). 17. تفصيل الشريعة فى كتاب تحرير الوسيلة (كتاب النكاح): در اين دو جلد، مباحث مربوط به نكاح، طلاق و ارث كه از بحث‌هاى پيچيده مسائل فقهى محسوب مى‌شود قرار گرفته و از غوامض آنها پرده برداشته شده است.

18. تفصيل الشريعة فى كتاب تحرير الوسيلة (كتاب القضاء و الشهادات): مباحث مهم مربوط به مسائل قضا طبق مبحث تحرير الوسيله، در اين كتاب به صورت استدلالى ذكر شده است.

19. احكام الحج: حاشيه علمى بر حج تحرير الوسيله است.

20. تبيان الاصول: اين كتاب تقرير مباحث اصولى آيت الله فاضل است كه به قلم يكى از شاگردان ايشان مباحث مربوط به قطع و ظن و امارات و اصول عمليه را به رشته تحرير درآورده است.

21. الاحكام الواضحه: اين كتاب كه به زبان عربى نگارش شده است در واقع رساله علميه محسوب مى شود و تمام مسائل مربوط به «عبادات» را به طور صريح و روشن و به صورت فتوا بيان داشته است.

22. رساله توضيح المسائل: اين رساله بنا به تقاضاى مسلمانان در كشورهاى خارجى به زبان انگليسى و اردو و تركى آذرى و تركى استانبولى و نيز به زبان روسى ترجمه شده است و حاوى مسائل عملى و مورد نياز عموم مردم تدوين شده است. از مباحث تقليد شروع شده و پس از بيان بسيارى از مسائل مبتلا به پايان رسيده است.

23. الحواشى على العروة الوثقى: كتاب ارزشمند عروة الوثقى مسائل عملى مكلفين است كه مرحوم آيت الله سيد محمد كاظم طباطبایى يزدى(قدس سره) به يادگار گذاشته است. آيت الله فاضل بر اساس استنباط و اجتهاد خودشان مسائل مطروحه را نقد و بررسى كردند. تاريخ شروع نگارش حاشيه عروة 1378 قمرى است.

24. حاشيه بر كتاب طهارة مصباح الفقيه مرحوم محقق همدانى: مرحوم محقق همدانى(قدس سره) الشريف كه يكى از اكابر علماى سلف است، مجموع مسائل «طهارت» را مورد بحث و تحقيق قرار داده است. آيت الله فاضل با نگرشى محققانه مسائل مطرح شده را باز بينى كردند و نظر فقهی خويش را مرقوم داشتند.

25. مناسك حج: براى آنكه حجاج بيت الله الحرام و زائران خانه خدا بتوانند اعمال عبادى خود را به صورت مطلوب و خدا پسند انجام دهند، بر اساس نظريه آيت الله فاضل مسائل مربوط به حج در يك مجموعه گردآورى و بر اساس فتواى آيت الله فاضل لنكرانی چاپ و منتشر شده است.

26. مدخل التفسير: اين كتاب ارزنده٬ مقدمه‌اى بر تفسير قرآن است كه در زمينه اعجاز قرآن، قرائات قرآن، اصول تفسير قرآن و عدم تحريف آن نگارش يافته است.

27. چهره‌هاى درخشان در آيه تطهير: اين كتاب با همكاری آيت الله اشراقى، داماد امام راحل(قدس سره) نوشته شده و مجموعه مطالب كتاب در پاسدارى از آيه تطهير و دفاع از حريم اصحاب كسا و اهل البيت(عليهم السلام) نوشته شده است. اين كتاب به زبان عربى و به نام «رؤية مبتكره» و نيز به زبان اردو ترجمه شده است.

28. ائمه اطهار يا پاسداران وحى در قرآن كريم: اين كتاب كه به فارسى نوشته شده در دفاع از حريم ولايت و امامت به نگارش در آمده است و با شركت آيت الله اشراقى تأليف شده است.

29. تقيه مداراتى: اين نوشتار در زمينه مباحث مربوط به تقيه است كه براى نخستين بار با نگرش ويژه‌اى موضوع تقيه را مطرح ساخته است.

30. آيين كشوردارى از ديدگاه امام على (ع): مجموعه مسائل اين كتاب را فرمان على (ع) به مالك اشتر (يار با وفاى آن حضرت) تشكيل مى‌دهد. اين اثر هم به قلم يكى از شاگردان ايشان تقرير يافته و منتشر شده است.

31. رساله احكام براى نوجوانان: اين اثر تاكنون بيش از ده بار به چاپ رسيده است و به عربى و انگليسى و روسى و آذرى هم ترجمه گرديده است.

33 و 32. متعمد الاصول و الفقه لمباحث آيت الله العظمى الامام الخمينى(قدس سره): اين كتاب كه در دو جلد است مباحث اصولى رهبر كبير انقلاب را به رشته تحرير در آورده است.

34. تفصيل الشريعة فى التيمم و الاغسال و المطهرات: اين اثر يكى ديگر از نوشته‌هاى تفصيلى ايشان است كه كتاب ارزشمند تحرير الوسيله امام راحل(قدس سره) را در مسائل تيمّم و اغسال و مطهرات مورد تحقيق و كنكاش قرار داده است.

36 و 35. جامع المسائل: اين كتاب در دو جلد تدوين شده و حاوى سؤالات مورد ابتلاى مؤمنان است كه در حدود پنج هزار سؤال و جواب در آن مطرح شده و به زبان‌هاى عربى و اردو نيز ترجمه شده است.

37 ـ 50. سيرى كامل در اصول فقه: تمام دروس مربوط به اصول فقه كه در طول سال‌هاى متمادى توسط استاد به صورت درس خارج براى طلاب و فضلاى حوزه علميه قم تدريس مى‌شده ضبط شده و پس از اتمام دوره، همه آن‌ها از نوارهاى موجود پياده و پس از بازبينى آماده چاپ و منتشر شده است.

50 ـ 56. ايضاح الكفاية: استاد در طول عمر پر بركت خويش، شش دوره كامل كتاب ارزشمند كفاية الاصول مرحوم آخوند خراسانى را تدريس فرمودند. .